Xã Krông Na nằm về phía Tây bắc huyện Buôn Đôn, cách trung tâm huyện 18 km theo đường Tỉnh lộ 17, phía Tây có 46,7 km đường biên giới tiếp giáp tỉnh Molđunkiri của nước bạn Căm Pu Chia. Vị trí cụ thể như sau:

- Phía Bắc giáp huyện Ea Súp, tỉnh Đắk Lắk.

- Phía Nam giáp huyện Cư Jút, tỉnh Đắk Nông; TP Buôn Ma Thuột, tỉnh Đắk Lắk.

- Phía Đông giáp xã Ea Huar, xã Ea Wer huyện Buôn Đôn và huyện Cư M'gar.

- Phía Tây giáp Vương quốc Căm Pu Chia.

Nằm trong vùng bình nguyên Ea Súp, có độ cao trung bình 200 – 220 m so với mặt nước biển, nghiêng theo hướng Tây - Tây nam; có địa hình phức tạp, bị chia cắt mạnh, chủ yếu thuộc khu vực vườn quốc gia Yok Đôn; địa hình đồi núi cao thuộc khu vực các núi Chư Minh, Chư Mar, Chư Nao, Chư Ming... ở phía Bắc có độ cao 300 m, khu vực đồi Yok Don ở phía Nam có độ cao 250 - 400 m, khu vực đồi Yok Rheng, Yok Da ở phía Tây. Địa hình thấp trũng thuộc hạ lưu của sông Sêrêpốk, các suối thuộc hạ lưu của nó và khu vực trung tâm xã, độ cao bình quân 185 m so với mực nước biển. 

Xã Krông Na nằm trong vùng khí hậu nhiệt đới gió mùa đặc trưng của khí hậu cao nguyên Nam Trung Bộ, được chia làm 2 mùa rõ rệt: mùa mưa bắt đầu từ tháng 4 đến tháng 10, mùa khô từ tháng 11 đến tháng 4 năm sau.

Tổng lượng mưa trung bình qua khảo sát nhiều năm là 1.588 mm, lượng bốc hơi 1.470 mm và phân bố không đều, mùa mưa chiếm 93,5% lượng mưa cả năm và mùa khô chiếm 6,5%. Mùa mưa khí hậu mát mẻ, nên thuận lợi cho sản xuất nông nghiệp, nhưng độ ẩm cao và lượng mưa lớn dễ gây xói mòn và rửa trôi đất; mùa khô thời tiết nắng nóng, gió mùa đông bắc thổi mạnh, độ ẩm không khí giảm, gây khô hạn ảnh hưởng rất lớn đến nguồn nước phục vụ cho sản xuất và sinh hoạt.

Nhiệt độ trung bình trong năm là 24,5^oC, nhiệt độ cao nhất trong năm là 37,5^oC, nhiệt độ thấp nhất trong năm là 11^oC, tháng có nhiệt độ bình quân cao nhất là tháng 4, tháng có nhiệt độ bình quân thấp nhất là tháng 1, bình quân giờ chiếu sáng/năm 1.600 - 2.600 giờ.

Độ ẩm tương đối hàng năm 81%, độ bốc hơi mùa khô 7,3 - 44,1 mm/ngày, độ bốc hơi mùa mưa 0,86 - 2,1 mm/ngày.

Hướng gió thịnh hành mùa mưa là hướng Tây nam, hướng gió thịnh hành mùa khô là hướng Đông bắc, tốc độ gió bình quân 2,4 - 5,4 m/s, hầu như không có bão, tuy nhiên về mùa mưa thỉnh thoảng có gió lốc giật cấp 5 - 6.

Krông Na có tổng diện tích tự nhiên là 111.379,07 ha, là xã có diện tích lớn nhất tỉnh Đắk Lắk, với hầu hết diện tích tự nhiên là đất lâm nghiệp. Trong đó:

Diện tích đất nông nghiệp là 108.710,38 ha, chiếm 97,57% tổng diện đất tự nhiên. Cơ cấu diện tích đất nông nghiệp của xã với phần lớn là diện tích đất lâm nghiệp chiếm 98,17% (106.723,92 ha; chủ yếu là đất rừng đặc dụng thuộc quản lý của vườn Quốc gia Yok Đôn 94.399,47 ha, chiếm 86,84%; đất rừng sản xuất 7.613,48 ha và rừng phòng hộ 4.710,97 ha, lần lượt chiếm 7,00% và 4,33%). Diện tích đất sản xuất nông nghiệp chiếm tỷ lệ nhỏ 1,78% (1.986,16 ha; trong đó, chủ yếu là diện tích đất trồng cây hàng năm 1.107,29 ha; diện tích đất trồng cây lâu năm là 562,83 ha).  Đất phi nông nghiệp 2.489,81 ha, chỉ chiếm 2,23% diện tích đất tự nhiên. Với cơ cấu chủ yếu là đất sông suối chiếm 37,12% (924,31ha), đất chuyên dùng chiếm 59,61% (1.484,13 ha; trong đó, đất có mục đích công cộng chiếm 60,99%, đất an ninh quốc phòng chiếm 37,17%, đất sản xuất kinh doanh phi nông nghiệp và đất trụ sở cơ quan, công trình sự nghiệp chiếm 1,65% và 0,18%), đất ở nông thôn chiếm 2,06% (51,26 ha), còn lại là đất nghĩa trang, nghĩa địa chiếm 0,5% (12,5 ha).  Đất chưa sử dụng 216,81 ha, chiếm 0,19% diện tích đất tự nhiên (hầu hết là diện tích đất đồi núi chưa sử dụng).

Xã Krông Na có mạng lưới sông suối với mật độ tương đối cao, thuộc hạ nguồn lưu vực của hệ thống sông Sêrêpốk, có cấu trúc bậc thang lắm thác ghềnh với độ dòng chảy 7,54%. Lưu lượng dòng chảy bình quân 260 - 300 m³/s, lượng dòng chảy lũ >2.000 m³/s và lưu lượng dòng chảy kiệt là 50 - 70 m³/s, nước mặt có trữ lượng lớn song phân bổ không đều theo diện và thời gian trong năm. Trong vùng có suối Đắk Minh bao gồm nhiều nhánh nhỏ bắt nguồn từ phía Đông, Đông bắc, suối hẹp uốn khúc mùa mưa nước dâng cao nhưng thường bị cạn kiệt vào mùa khô. Modul dòng chảy trung bình cuối mùa khô là 6,0 l/s.km². Biên độ giữa mùa lũ và mùa kiệt 3 - 12 m.

Xã Krông Na được thiên nhiên ban tặng cho nguồn tài nguyên du lịch vô cùng quý giá, có nhiều khả năng để đầu tư khai thác tạo thành điểm du lịch hấp dẫn và nổi tiếng; tạo điều kiện tăng thêm thu nhập cho người lao động, chuyển dịch nền kinh tế theo hướng tăng dần tỷ trọng ngành thương - mại dịch vụ trong cơ cấu kinh tế của xã.

Với diện tích rừng hơn 100 ngàn ha chủ yếu là rừng tự nhiên nối liền một dải phía Nam là vườn Quốc gia Yók Đôn, phía Bắc là rừng Ea Súp nằm trong khu vực đặc trưng cho hệ sinh thái rừng của Tây Nguyên. Ngoài rừng khộp còn có nhiều nguồn gen động thực vật quý hiếm, đặc biệt nơi đây còn lưu giữ được môi trường sống hoang dã và là nơi cư trú ổn định cho nhiều loài thú rừng đặc trưng Tây Nguyên. Theo thống kê chưa đầy đủ của Viện sinh thái và Tài nguyên sinh vật, trong rừng Buôn Đôn mà chủ yếu là xã Krông Na có 464 loài thuộc 94 họ thực vật. Hệ động vật tại khu vực nghiên cứu của Vườn Quốc gia có: Thú 62 loài thuộc 26 họ, 11 bộ; Chim 196 loài thuộc 46 họ, 18 bộ; Ếch 13 loài thuộc 4 họ, 1 bộ; Bò sát 40 loài thuộc 12 họ, 3 bộ. Đây là lợi thế để phát triển du lịch sinh thái.