Tách ra từ huyện Ea Súp và một phần từ thành phố Buôn Ma Thuột từ ngày 07 tháng 10 năm 1995 trên cơ sở địa danh Bản Đôn trước đây, vốn một thời là thủ phủ của tỉnh Đắk Lắk. Sau này để tiện cho việc phát triển kinh tế xã hội và để chiếm giữ một vị trí an ninh quốc phòng chiến lược, người Pháp đã cho dời cơ quan hành chính về Buôn Ma Thuột, nơi có vị trí trung tâm của toàn Tây Nguyên.

Buôn Đôn là tên huyện mới đặt khi thành lập huyện mới, còn Bản Đôn cũ theo tên gọi tiếng Lào ngày xưa (sắc dân Lào chiếm đa số ở đây khi còn sơ khai) có nghĩa là "Làng Đảo" nghĩa là một ngôi làng được xây dựng trên một ốc đảo của Sông Serepôk. Đây là một trong những điểm giao thương quan trọng của 3 nước Đông Dương ngày xưa. Khi ấy, người Lào trong lúc ngược dòng sông buôn bán, bắt gặp mảnh đất này đã bị quyến rũ và ở lại cùng người Ê Đê bản địa xây dựng lên ở đây một ngôi làng trù phú. Nơi đây vốn nổi tiếng với nghề săn bắt, thuần dưỡng voi rừng, với huyền thoại về Vua Voi Khun Sa nuk, người đã bắt được và thuần dưỡng hơn 170 con voi rừng, trong đó có 1một con bạch tượng tặng vua Thái Lan và Khun Sa nuk chính là danh hiệu vua Thái Lan ban cho ông. Bản sắc dân tộc và tất cả những điều ấy, đã biến Bản Đôn trở thành thương hiệu nổi tiếng nhất của Du lịch Đắk Lắk, một nơi không thể không đến khi đến Đắk Lắk. Cho đến bây giờ vẫn có thể khẳng định: du khách trong nước và cả thế giới nay vẫn biết đến Bản Đôn nhiều hơn là cái tên Đắk Lắk, cũng giống như thương hiệu cà phê Buôn Ma Thuột vậy.